评价指标体系的确定直接影响决定着最终评价结果的客观性和真实性，要想全面、客观、真实地对在职博士研究生培养质量进行评价，反映我国在职博士研究生培养质量现状，找出我国在职博士研究生培养存在的薄弱环节，评价指标的设计和选择至关重要，因此，在评价指标体系设计中必须遵循以下原则:
1、目的性原则。目的性是评价的出发点，我国在职博士研究生培养质量评价指标体系的建立是为评价在职博士研究生培养质量服务的，其目的不仅是单纯的评价出在职博士研究生培养质量的高低，更重要的是通过评价找出我国在职博士研究生培养质量要素系统中存在的问题，找出在职博士研究生培养的薄弱环节，把握在职博士研究生培养质量朝着"又好又快"的方向发展。每个指标都从不同的角度反映了在职博士研究生培养质量，在测度在职博士研究生培养质量时选择最能反映其质量的指标，这是评价指标体系设计时首先要考虑的问题。
2、代表性原则。我国在职博士研究生培养质量要素是个复杂的系统，涵盖多方面的指标，选择指标时必须要注意到指标要具有代表性，能够真实客观的反映我国在职博士研究生培养质量要素系中的某一要素，在其他要素选择上具有不可替代性。
3、系统优化原则。我国在职博士研究生培养质量要素作为一个复杂的系统，由若干个子系统相互作用，互相影响共同作用而成。必须选择若干个指标来衡量，指标之间纵横交错，具有很强的系统。以系统优化为原则，以少而精的指标更全面更系统地反映我国在职博士研究生培养质量的现状，统筹系统内各要素之间的关系，选择更能体现在职博士研究生质量的要素。
4、整体性原则。从系统整体的角度出发开展指标设计，使得评价体系中各指标因素要能够以有机整体的形式存在并能够全面、客观、科学、准确的反映和描述我国在职博士研究生培养质量的内涵和特征。
5、精简性原则。评价指标并非越多越好，特别是使用DEA进行评价，为了避免因指标过多而造成的决策单元的有效性系数过大，而影响从有效性系数中提取决策单元的差异信息，评价指标体系在确保实现评价目的的前提下，尽量使指标体系精简。
6、可行性原则。我国在职博士研究生培养质量评价体系指标应具有可行性，既要符合在职博士研究生培养质量的客观实际水平，又要有稳定、可靠的数据来源，并且易于操作，具有可测性，尽量提高评价结论的可信度。一方面，评价指标体系含义明确，便于资料数据的收集，另一方面定量指标可直接量化，指标宜少不宜多、易简不易繁。
7、科学性原则。科学性是指在指标体系的设计方面应追求规范、准确，尽量客观、真实的反映在职博士研究生培养质量。体现在以下几方面:一是指标体系要能够全面体现在职博士研究生培养的质量状况，具有系统性;二是反映在职博士研究生培养的投入产出指标要具有代表性和独立性，同一层级指标力求不交叉不重复，具有准确性;三是指标体系要尽量符合不同类型在职博士研究生培养的特点，具有客观性。
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