工程硕士研究生教育系统是由多个自主主体组成的。虽然从系统整体上看，所有的主体都有基木的共同目标，但从微观层而上考察各个主体，又会发现由于各个主体的价值观、利益及偏好不一致，从而形成了系统自身的关联复杂性和管理复杂性。
首先，国家教育主管部门在工程硕士研究生教育问题上有着国家层而上的宏观考虑;而培养单位(包括具体的培养院系)不同程度地存有其他一些“自身考虑”，如将自己学校是否具有培养工程硕士的资质以及培养领域数的多少看作是学校“实力”、“能力”的体现，甚至一些培养单位将招收工程硕士研究生作为经济“创收”的途径之一;作为工程硕士教育体系中最重要的主体之一—广大的工程硕士研究生，除了具备基木的学习热情、学习责任感之外，由于客观上的困难和主观上的一些原因，出现缺乏刻苦学习的精神、只重学位不重知识获取等问题;而与学校紧密合作的企业，在为工程硕士提供实训基地、企业导师等支撑条件时，往往不够坚定与认真。
“很多培养单位对于工程硕士研究生教育的过程管理往往流于形式，质量管理和质量监控很难落到实处。这些问题的解决需要在统筹协调的框架卜兼顾各个主体的利益，特别是增强包容各主体的制度兼容性，化解彼此之间的矛盾，这必然大大增加工程硕士教育体系的管理复杂性。
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