工程硕士研究生教育主体(包括主管部门和培养单位)通常会遇到两方而的困难:一方而是教育主体拥有培养工程硕士研究生所需的基木教育资源，但资源整合难度较大。如对学校、企业的资源进行整合时，就会遇到不同体制、不同理念、不同价值观的差异，这就需要相互沟通、相互协调并均衡各自的利益。另一方而是教育主体还不具备完全培养工程硕士研究生所需资源的情况。
例如，虽说大学具有学术水平较高的教师队伍，但更多的教师擅长理论研究。而培养工程硕士研究生需要有较强的实践经验和工程能力的教师，这就意味着培养单位并不具备充足的能胜任工程硕士研究生教学工作的教师。这时就需要教育主体首先要通过各种手段获取所缺的资源，然后再进行整合，这显然又增加了一个层次的困难和复杂性。
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