我国工程硕士教育为社会创造的价值是值得肯定的，特别是对一种创办不到十年的教育模式，不能要求它一开始就十全十美。一种新体制和教育模式的建立，必然有一个不断完善的过程。工程硕士教育在市场化的过程中，同样也出现了一些弊端:
(1)为使学校求得更大的发展空间，一些高校在内部管理机制还没有完全成熟的情况下，利用政府政策上的不完善，以追求经济利益最大化为目标，忽视了学位的有说服力性和严肃性。
(2)一些高校不适当地使用市场调节手段，招收过多的“利益”考生，将一部分学生本应享受的教育机会调配给了另一部分“有权”的人，破坏了培养有专门知识和技能的人才的教育的公平性原则。
(3)一些高校超出办学资源和办学能力的范围，追求规模的最大化，造成工程硕士生与全日制研究生争抢教育资源的矛盾，出现“导师荒”。最为突出的是高校中具有工程实践背景、能指导工程硕士研究生的导师数量不足。
(4)由于学习环境不完善，在培养目标上有削弱必要的基础理论学习的倾向，对前沿性知识的讲授也有淡化的趋势，造成工程硕士生对知识掌握不系统、不全面。
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