关于课程设置：工程硕士的培养采用学分制，设学位课和选修课。工程硕士研究生生源分散，不完全脱离工作岗位，培养目标又强调应用性结合工程实际，故即便属同一专业方向，各人的情况和学习目的也各不相同，很难统一。其实这种同一专业方向内不大的差异正是工程硕士培养的特点，没有必要要求统一，解决办法是学位课程也允许选修，但一定要修满规定学位课程必须的总学分；学位课的学分与必修课学分不通用，以保证学位课的主导地位。学位课中有的课必修，如政治学，外语，其它课可以五选三或六选四等等。选修课应尽可能多开，尤其应当包括经济学，管理学方面的课程，给学员以广阔的余地以利造就复合型人才。在全校范围内多开专题讲座，内容应尽可能多地包容其它学科尤其是人文、管理等方面的学科，每讲座以2至4学时为好，为鼓励拓宽知识面，参加即给学分，分值宜低如0.2分/讲座。
关于自学与面授：工程硕士研究生具有较强的自学能力，这是他们在工程实践中练就的汲取知识的能力，是他们的可贵之处。重要课程可以用自学加答疑的方式学习，只有学员共同的疑点才作面授讲解。
关于教材：根据上述对工程硕士的要求和特点，他们的教材不应等同于工学硕士的教材。教材建设任务繁重，短期内让新教材面世难以实现，为此可以使用老教材，但应重新拟订教学大纲，删去一部分，而增添的部分可以指定其它参考书的有关章节以供阅读。
实验课和计算机应用：与在指导教师身边学习的工学硕士不同，工程硕士研究生的实验、上机容易被忽视，如上所述，这又正是工程硕士研究生培养中的重要环节。实验可以集中在来校面授时进行，并进行考核；计算机应用可以自学，但必须单独考核。
关于培养管理上的宽进严出：工程硕士研究生培养是对国家、对企业、对学员本人、对学校都有好处的事，应大力发展。在学校能力允许的范围内可执行宽进严出的方针，在入学方面，鼓励广大企业技术人员报考，入学考试实行几门指定课程的笔试加上综合面试相结合的方法。面试包括本人所做的专业技术工作的述职和综合口试。录取标准不宜太高，让较多的人能有机会参加学习。研究生教育中应关注的首要问题是质量问题，李岚清同志指出“研究生教育必须更加牢固地树立起‘质量第一’的观念。……质量是关键，没有质量，再多的数量也代替不了质量”，工程硕士研究生可以“宽进”，但一定要“严出”，要严格把关，保证质量。为此，对每门课程的考试必须严格，要建立可行的监督制度予以保证。
关于工程硕士专业学位论文：选题是学位论文成败的关键，导师一定要亲自认真选题。为此，学校指导教师要下到学员所在单位，与合作指导的企业的导师一起，根据工程实际选题。根据规定，学位论文可以用设计来替代，在实践中工程设计常常不是一个人可以完成的，即使学员单独做了某一部分的设计，从方案制订到设计思想等也很难将个人的部分分离出来。因此，建议对做设计的学员，也仍要求就设计内容撰写论文，以求对设计作深层次的理论探讨，这样做不但能更客观公正地评价学位论文(设计)，同时撰写科技论文也是硕士研究生基本的能力培养。对工程硕士在培养过程中并没有撰写论文在学术刊物上发表的要求，如果对最后的学位论文再不作要求，就等于将这一能力培养放弃了。
计算机网络已日益普及，通过网络操作可以实现远程教学，应予大力提倡。
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