专业学位在职研究生教育跨学科、开放性的特点，对专业学位在职研究生培养工作的组织带来了一系列挑战。

首先是专业学位人才培养主体的多元性。专业学位跨学科、开放性的特点，需要依托多个一级学科、多个一级学科甚至多个学科门类，需要依托实践领域企业事业单位。不仅需要多个学科、机构的专家上课、指导论文、指导实习实践，还需要这些机构木身参与专业学位人才培养的目标定位、培养方案、师资队伍建设、课程建设、条件建设、培养工作组织实施等。这与学术型研究生主要依托某个一级学科有很大不同，在参与主体上有多元性的特征。专业学位研究生的培养目标定位、培养方案、培养质量监控等，需要多元主体共同参与，在培养上达成共识。同时，从长期发展来看，来自不同学科的专家学者，他们从事专业学位研究生教育工作与他们自身所做的科学研究不尽一致，难免冲突，可能造成专业学位研究生教育中投入精力多，干扰其科学研究及学术型人才培养工作的情况。专业领域实践单位主要目标也不在人才培养上。这样，这些多元主体在角色身份上存在多重角色的冲突。

专业学位在职研究生培养工作要能够适应这种主体多元性，能够融合所涉及学科领域及实践领域的专家的智慧，准确反映相关学科领域、实践领域对人才培养的需要;体现他们对物质利益及长远发展的利益关切，实现多元主体的有效整合和积极性的充分调动。

其次是专业学位在职研究生培养资源的分散化。专业学位在职研究生培养所需要的师资队伍、图书信息资源、设施设备、实习实践条件，乃至教室等基木条件，都分散在相关多个学科领域，分散到校外实践领域的企业事业单位中。换句话说，专业学位在职研究生培养工作所需要的资源由相关的多个学院、包括校外的企业事业单位所掌握，属于多个主体所有。专业学位在职研究生培养工作须有效整合相关主体利益，有效调动、使用相关人才培养资源。专业学位在职研究生教育要能够有效组织起分散在多个一级学科甚至多个学科门类的图书资料、设施设备等各种教学资源，以及合作单位的实践实习资源，能够对相关资源进行持续规划建设和有效使用。

我国专业学位在职研究生教育经历了尝试、初步发展、快速发展几个阶段[f41，自1990年至2008年近20年时间里，先后设立了19种专业学位类型。各高等院校在专业学位人才培养工作组织上，也进行了有益的探索，出现了一些成功的人才培养模式。2009年以来.国家大力发展专业学位研究生教育.增设了20种专业学位类型，专业学位研究生教育规模逐年增长，参与专业学位研究生教育的学校、学科越来越多。除了部分专业学位有相当发展基础外，大部分专业学位研究生培养工作仍然以某个学院和系作为组织的主体。这些学院多以某个一级学科为主构建，系多以某个一级学科为主构建，这是比较适合学术型研究生培养的教学组织主体，但还不能很好地适应专业学位研究生教育教学组织工作。

首先，专业学位在职研究生培养的目标定位、培养方案制定、发展总体规划等由承担专业学位研究生教育工作的学院牵头制定。长期稳定参与专业学位教学组织管理的专家群体，也局限于学院内部。分散在其他学院和校外实践领域的专家、机构缺乏稳定参与专业学位研究生教育的渠道，难以实质性地参与到专业学位的人才培养定位、培养方案制定、发展规划等工作中。可以说，专业学位研究生教育组织的主体没有体现跨学科、开放性的特点，在人员构成方而存在结构性的偏差。

其次，专业学位在职研究生教育授课、指导论文等工作多以某个学院和系的教师为主，其他相关学科教师只是以个人方式参与，这种个体式的参与是无法持续的。尽管专业学位研究生教育跨学科的特点决定了相关学科教师应自始至终参与，但相关教师所做的专业学位研究生教育科研、教学、论文指导、实践指导等工作，不能纳入其所在学院(系)的科研成果和工作量考评、职称晋升的指标体系中，从而使这些教师在考核评价、职称晋升方而处于不利地位。同时，由于参与专业学位研究生教育工作，工作量大大增加，相关学科教师队伍的数量、结构及任职条件等都应有新的要求，但由于这些学院没有正式参与专业学位研究生教育工作，相关学科队伍很难得到系统规划和建设。可以说，专业学位研究生教育缺乏能够有效规划、建设并组织跨学科领域教师长期稳定参与其中的主体。

其三，缺乏专门用于专业学位在职研究生教育的图书资料、设施设备等教学条件。现有资源多是培养学术型研究生所需的条件，不仅数量不足，而且缺乏以培养专业实践能力为主的专用的教室、教学设备设施以及实习实践基地等，缺少整体规划并组织教学条件建设的主体。同时，现有教学条件主要是服务丁学术型研究生的教学条件，又多分散在各个学院(系)，资源的占有和使用权分散，没有哪个学院能够有效调动并使用这些教学资源。专业学位在职研究生教育尚缺乏共同规划、共同建设、共享使用相关教学资源的有效机制。