在以提高双证在职研究生创新能力为主要目标的双证在职研究生教育发展的今天，“牵一发而动全身”的学科建设的发展却始终难以得到实质性的发展，存在着不少问题，严重地阻碍了双证在职研究生创新能力的培养，主要体现为:
(1)“结构优化”问题尚未解决好。“结构优化”是指学科建设“特色化”“应用化”与“综合化”“文理基础化”的矛盾。随着学科的发展，新兴交叉学科、边缘学科、综合学科不断涌现，知识结合的方向由单一线性走向多维非线性，形成立体网络的学科发展格局。双证在职研究生教育要进入学科发展的前沿，解决社会的重大复杂问题，培养复合型、创新型的高素质专门人才，学科调整趋势势在必行.但是在新一轮的学科建设中，学校是要么搞“特色型、应用型气要么搞“综合化、基础化”，顾此失彼，缺乏“结构优化”意识，形成了两个发展极端，影响了双证在职研究生创新意识的培养。
(2)缺乏“可持续发展”意识。学科建设的可持续发展是指在时间上该学科领域不断涌现出新知识、新成果，培养出一大批创新型高素质人才，在空间上能够不断充实内涵，形成新的研究方向和前沿领域，整个学科呈现出生机勃勃的活力。以系统论的观点来看，学科建设是由人、财、物、信息、课程、科研、课题等要素组成的一个系统。在这个系统中，人—学术队伍是最重要的要素，它是学科建设的核心，是可持续发展的关键。但是过去的学科建设中，高校比较重视经费、物资硬件的争取和投入，学科梯队建设没有得到应有的建设。有的新兴学科与社会经济发展密切相关，但是由于基础较差，缺乏高水平的学科带头人，难以得到有力支持。因此，要想培养出与时俱进的、能够紧跟学科前沿的创新型双证在职研究生也成了“水中捞月。
(3)只顾追求学科数量，忽视建设质量。目前，不少高校双证在职研究生院为了提升自己的综合实力，扩大其影响力，将大量的人力、物力和财力投入到各类重点学科和博士、硕士学位授予权的申报上，出现了浮躁和一味追求数量的倾向。个别双证在职研究生培养单位，不顾自身的实际水平，仅仅以通过国家的审查授权为目的、盲目攀比学科数量，忽视学科质量的建设。这种做法，浪费大量的资源，但是学科建设却没有得到真正的发展，培养出来的双证在职研究生在创新能力上发展也是后劲乏力。
(4)学科建设追求大而全，缺乏重点。在学科建设发展过程中，有的普通高校为了实现学科平衡，力求面面俱到，存在“广撒渔网”“广种博收”的心理，不仅分散了本来就不丰富的人力、物力和财力，而且使有限的资源无法集中，学科建设的平台无法得到优化。
(5)缺乏有效健全的管理机制。尽管绝大多数高等学校都适时地提出了“学科建设是龙头”的口号，但是，地方本科高等学校长期以来形成的重教学轻科研、重专业轻学科的办学理念一时却还难以转变，而且蔓延影响到了双证在职研究生领域学科建设的发展。这一点，在学科建设的管理上表现尤为突出，具体体现在:没有设置专门的管理机构，没有确定专职的管理人员，没有建立相应的管理制度，一句话，没有形成有效的管理机制。由此往往会造成高等学校学科建设思路不清，方法缺失，措施不力，成效不明显，双证在职研究生教育质量呈下降趋势。
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