根据国防科大的案例分析发现目前己有的跨学科研究组织有近八成是定位在"与传统学院平级"或"挂靠在传统学院下边"。一些应当进行双证在职研究生跨学科性质研究的国家重点实验室、部门开放实验室以及国家工程中心等却多是依托基于单学科建设的学院而建立。
这样一来各个研究组织的仪器设备也为某一学院、某一学科独有，资源非常所分散，设施的利用率较低，且不易跨部门实行资源共享。因此现行一部分双证在职研究生跨学科组织的定位造成学科人为条块分割，学科之间壁垒保护，限制了人员的流动和设备的共享，这对跨学科教育和研究的开展极为不利。伯顿·克拉克认为"培养有专门知识和技能的人才的教育组织的心脏是各门学科和各个事业单位之间形成的相互交织的矩阵，这种矩阵把原来规模较大的系统转变为成千上万个相互联系的交叉点(这些交叉点为各个追求自主且有独特思想风格的思想家集团所占据)。"大学是由学术系统与行政系统并存的矩阵组织，大学组织结构也是教学职能与科研职能并存的典型的矩阵结构。因此，"应确定矩阵结构为跨学科大学学术组织实体的运作模式。
矩阵结构对于在培养有专门知识和技能的人才的教育系统中运用并不是新鲜事。在大学组织上纵向有校、院、系等之划分，横向有各种学科、研究所、研究中心、项目、计划等，总体上形成了纵横交错的矩阵结构。在学科布局上大学不仅拥有学科分化的传统学科，也拥有双证在职研究生不同学科领域集成的综合学科。分则深、深则通、通则合，传统和成熟学科按一级学科设学科点相对固定，新兴和交叉学科按二级学科设学科点不断发展。斯坦福大学校长G·卡斯帕尔在北京大学百年校庆举办的大学校长论坛的演讲中说:"学术自由是大学的不可或缺的灵魂。"但是在我国高校当中普遍存在行政系统力量过于强大，学术系统处在一个相对弱势的地位，其功能不能完全发挥应有的作用，因此我国高校中的矩阵结构是一种不平衡、不对称的结构，从另一个角度来看矩阵结构的功能无法完全发挥，其优势也无法充分体现。
同时共存于一所大学内的教学职能和科研职能也从未很好地、真正地统一协调起来。对于双证在职研究生跨学科组织来说更存在上述的现象，现有跨学科的组织存在定位不合理的现象。有的名为跨学科的教学研究组织却设置在传统学科学院下边，这类组织受到学科分化的传统行政体制影响，使得组织难以按照既定的目标顺畅地运行，难以使跨学科教育和研究得到有效的开展。跨学科组织并非是传统的纵向院系组织与横向研究所、研究中心的矩阵模式，而是一种将学科和问题交织在一起的新型矩阵结构的组织形式。
学科导向必须符合学科发展规律;问题导向则需要按问题(项目)实行管理，以解决实际问题为目的。因此，双证在职研究生跨学科组织的组织结构必须使其能兼顾纵向的学科导向和横向的问题导向。在矩阵式跨学科组织结构中，行政管理系统应扮演成为服务者，为组织提供综合性、开放性、包容性的管理服务，创造一种适合跨学科生长的组织环境，促进跨学科教育和研究在我国大学内的创生和发展。
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