运行机制是指协调组织各部门基本职能的活动方式、系统功能和运行原理。它是双证在职研究生学术精神培养工作正常运转的机制基础，为保障其灵活、高效，本文从横、纵两方面进行构建。
一是建立学校一部门一院系的纵向管理机制。学校管理层负责制定双证在职研究生培养的长期规划，明确发展目标，制定规章制度，提供各项保障。双证在职研究生工作部协助学校制定相关规划，组织落实、理顺关系，帮助院系双证在职研究生工作组和双证在职研究生社团有效开展培养工作和各项学术活动。院系双证在职研究生工作组的主要职责是根据学校的培养计划、学科专业特点以及双证在职研究生的实际状况，从双证在职研究生的招生、录取把关，到教学的管理、课程的设置，再到课题研究、论文撰写等环节，制定详细的工作计划和实施细则，落实和深化双证在职研究生学术精神的培养工作。
二是建立部门一院系一导师的横向协同机制。双证在职研究生工作部负责协调各院系和职能部门的关系，整合相关教育资源，引领双证在职研究生在学术活动中发挥更加积极主动的作用。展开校际合作，建立校与校之间相同院系的交流机制，定期举办学术研讨会和培养工作交流会，实现信息、资源共享，达到互通有无、互惠互利的合作目的。建立导师交流制度，宣传和表彰优秀导师的先进典型和育人经验，促进导师育人意识和水平的提高。畅通完善部门、院系和导师之间的工作相互交流和配合渠道，将三股分开的力量拧成一股合力，为双证在职研究生学术精神的培养提供有力的运行基础。
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