对于在职博士研究生教育的定义、本质的研究，是一个很重要而又复杂的学术问题。奥尔特加·加塞特认为，大学的主要功能包括下列三项:文化的传授、专业教学、科学研究和新科学家的培养。在职博士研究生教育在新科学家培养方面发挥着极为重要的作用。美国学者梅黑幽在其专著《在职博士研究生教育和专业教育的改革》中阐明了在职博士研究生教育的本质，他指出:“在职博士研究生教育是培养学生进行科学探索和研究的教育阶段，在职博士研究生教育应着重引导学生发展智力，而不是进行机械的训练，因此应该把在职博士研究生教育看成是对学生在科学探索方面的教育。1972年经济合作与发展组织提出，在职博士研究生教育的一个重要特点是研究方法的教育。
我国学者提出，在职博士研究生教育指本科后以研究为主要特征的高层次的专业教育。这意味着在职博士研究生教育以研究为主要特征。在职博士研究生教育与本科教育或其他阶段教育的最大区别就在于，在职博士研究生教育主要是通过在职博士研究生参加必要的研究活动如参加课题研究、进行专题调查等，使其在本学科、专业领域具备一定的研究能力和创新能力。德国的在职博士研究生教育从产生至今一直都是通过在职博士研究生参加导师的科研项目研究作为最基本的培养手段的。在美国，尽管课程学习以及学分要求较高，但大多数从事在职博士研究生教育的大学对所培养的在职博士研究生都有关于参加科研活动的要求。
在我国的在职博士研究生教育中，虽然在职博士研究生阶段也要开展一些课程教学，但其主要目的是在掌握必要的专业基础知识的前提下，对与这些专业课程相关的课题进行深入研究，并通过这种科学研究实践，提高科研能力。由此可见，培养在职博士研究生的科研能力是由在职博士研究生教育的本质所决定的。
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