培养深入了解本学科发展方向和研究前沿、能独立承担和组织实施科研任务、具有较高的学术水平和系统、先进的认知思维体系的创新型人才是博士研究生教育的根本任务。博士生课程教学必须以培养博士生研究思维能力为最终目标。然而，目前的课程学习基本上只能作为科学研究的基础知识积累，与科研过程的直接联系较少，课程学习对博士生的科研方向、学位论文选题和科研过程中的思维能力训练帮助很小，容易导致博士生不重视课程学习或对课程学习失去兴趣，上课只是为了凑学分，真正想学和急需的内容主要还是靠自学。一部分博士生认为目前课程内容深度比较合理，但知识面略窄，且前沿性内容不足。
针对以上问题，课程设置的调整可以从以下几个方面进行：
(1)优化课程结构
一是设置跨学科的综合性课程，跨学科性主要体现在增加交叉学科和跨学科课程的比例上，有利于拓展博士生思考解决科学问题的专业化思路；二是增加数学基础课，有利于提升思考问题的逻辑严密性；三是增加研讨课，通过思想交锋和碰撞，培养合作交流精神与创新性思维。
(2)整合课程内容
一是学科基础课要将理论知识与应用实例、研究方法等内容相结合，加强博士生对专业理论的理解深度与应用能力；二是数学课要将数学知识与科研中的数学思维方式、数学结果与理论提升相结合，提高博士生运用数学逻辑分析解决科学问题的能力；三是选修课要增加更多地反映学科方向前沿性知识内容，扩大博士生的专业知识面；四是可以尝试将课题立项及研究、科研论文选题、科研信息等内容融入课程内容中，以增加课程学习对博士生科研能力培养的指导性。
(3)改进教学方式
以讲授与研讨结合为主，可在课程中引入专题讲座，或由学生按照给定作业或自选课题进行互讲互评，聘请相关领域专家，针对博士生做一些专场讲学。
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