我国现行的博导遴选制度使博导成为一个固定的层次和荣誉称号，而不是一个工作岗位，从而产生一系列的弊端。
第一，淡化了博导的岗位职责。作为一种荣誉，博导成为追求的目标，而淡化了博导的岗位职责。有些人为了证明自己的学术水平而当博导，但又没有时间和精力完成博导应承担的教学任务，严重影响了博士生的培养质量。
第二，导致博导这一岗位缺乏长期有效的竞争机制。博导既然成为一个固定的层次，能上不能下，有些人因此放松了对学问的追求。再加上带博士要有大量的经费做支撑，他们就把精力放在跑项目、要经费上，而不直接从事科研工作，从而失去了在学术上
的优势。
第三，博导遴选制度本身是一种重复评选。博导评选的标准与教授评选的标准做一比较就可以发现，两者的标准基本一致，并没有实质性的区别。因此，从教授中评选博导其实是对教授的一种重复评选。
第四，由于采取博导遴选制度，使得具有指导博士生能力的副教授和讲师不能招收博士生，加剧了扩招后博导紧缺的现象。从学生的角度来说，也剥夺了他们选择以上教师为导师的机会和权利。
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