学科结构是以知识为中心的在职研究生教育要素的组合关系及比例关系，即在职研究生教育所设学科是以各个科学范畴的知识为基础的。因此，科学知识的内在逻辑，即科学知识的内部分化与综合，是学科结构变化的内在动因。目前，科学经过分别类的专门化发展阶段，开始走向相互联系和相互渗透的综合化发展阶段，以真实地反映自然、社会和人类思维领域的复杂联系，更好地解决人类所面临的种种复杂问题，这亦是科学自身发展的必然规律。科学本身的这种变化规律对在职研究生教育学科结构产生的影响是:学科之间不断渗透、交叉，产生大量的交叉学科、横断学科和边缘学科，新兴学科如雨后春笋般层出不穷，在职研究生教育学科结构日趋复杂和多样化。由于在职研究生教育系统还具有培养适应社会需要的高级专门人才的功能，而不是纯粹为发展科学知识，因此，在职研究生教育必须根据社会对人才规格的要求选择和组织教育内容，所以其学科结构还必然受社会实际需要的影响和制约。产业革命以后，社会实际需求中经济发展对不同规格人才的需求是影响在职研究生教育学科结构的核心因素，并且这种影响越来越深刻和广泛。众所周知，随着经济的不断发展，经济结构、产业结构会不断的进行调整，而这种调整必然要引起就业结构亦即劳动力市场需求结构的变化。劳动力市场需求结构的变化不仅对在职研究生教育的规模产生调节作用，同时对在职研究生教育的培养规格也产生了有力的调节作用，从而导致了在职研究生教育培养规格的多样化。而在职研究生教育培养规格的多样化是通过在职研究生教育学科结构的调整来实现的，因为学科结构决定了教育的内容和方法，从而也决定了培养对象的知识能力结构。当人才培养规格供需不对路时，在职研究生教育必然得调整学科结构，改变培养人才的种类，从而实现供需双方的动态平衡。此即意味着，在职研究生教育的学科结构亦是直接受社会实际需要调节的。
可以说，在职研究生教育学科结构是一定科学范围的知识与社会实际需要相结合的产物。但是，学科结构的变化并不仅仅只受到这两种因素的影响，从在职研究生教育学科、专业目录的几次调整来看，政策的改变、国际文化交流等都对在职研究生教育学科结构的变化产生了重大的影响，而且，在在职研究生教育的不同发展阶段，各影响因素的力度也是不一样的。探讨在职研究生教育学科结构的优化，首先必须弄清楚在职研究生教育学科结构存在与转换的机制或规律。在不同国家、不同历史发展阶段、不同社会制度和不同文化传统条件下，在职研究生教育学科结构存在与转换的机制体现出明显的差异。我国在计划经济体制下，调节在职研究生教育学科结构的机制是以指令性为基本特征的国民经济和社会事业发展总体计划。而目前在市场经济条件下，政府的宏观调控与市场调节的结合，应是我国在职研究生教育学科结构存在与转换的基本机制。政府对关系国家命脉的社会、经济事业发展的专门人才需求作出预测与规划，据此制定和下达专门人才培养的指令性计划，而市场则通过人力资源需求信息来影响人才培养的种类。政府的宏观调控与市场调节相结合，可以使在职研究生教育学科结构的形成与发展既受到国家的计划控制又受到市场自动调节的作用，对补偿国家计划的不足、使在职研究生教育学科结构向合理的方向发展非常有利。在这样的机制中，在职研究生教育不宜在人才市场的波动中亦步亦趋，但应及时了解和跟踪市场信息，把握政府产业结构调整政策，加强与有关行业和用人部门的沟通，并主动与政府的人事和劳动统计等职能部门、新闻媒体、高新科技产业部门联系，了解多种社会需求信息，以此作为在职研究生教育学科结构调整的依据。
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