1、显科研院所来说要少。科研院所主要从事科研工作，不论是承担的科研课题数量，还是科研资源、研究经费等都比较强。同时，导师招的在职硕士人数少，又不承担教学任务，有更多的时问和精力指导在职硕士。此外，在科研第一线培养在职硕士，具有论文研究方向针对性强、研究技术实用性广的突出特点培养这方面的研究人员有利于促进我国农业产业化的发展，更好地服务于我国社会主义新农村建设。
2、采取院所结合的两段式培养，培养模式独特科研院所全部采取院所结合的两段式培养模式。第一段是学位课程的学习阶段，学生在院总部或在一些高校学习基础课程;第二阶段，一年的基础课程完成后，在职硕士回到研究所结合导师的科研工作，并根据自己的论文课题进行研究。在学习的第二阶段，在职硕士能够充分利用科研院所先进的仪器设备和优越的科研环境，将第一阶段学到的基础知识很好地与科研实践结合，更能充分地将高校和科研院所各自在在职硕士培养方面的优势发挥出来。
3、在职硕士培养队伍力量雄厚，实践经验丰富科研院所在师资配备上能博采众长。第一阶段在院总部或高校学习时，除少数基础课由本院或高校教师担任外，专业课教师有两个来源:一是聘清各研究所既有较高学术水平，又有一定教学能力的科研人员担任;二是根据课程设置和需要，聘清国内外知名大学的知名学者任教。此外，在职硕士导师均是科研院所中常年奋斗在科研一线，具有较高的科学素养和学术水平的研究人员。他们作为在职硕士导师，在在职硕士实践能力的培养方面比高校的导师拥有更多的实践经验。
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