①国家教育制度和环境的局限性。当前在职硕士入学考试制度未能与创新人才的选拔接轨，导致将一部分有创新潜能的考生拒之于门外。综观我国现有的在职硕士教育体系，在职硕士创新潜能难以挖掘的弊端凸显，创新意识不明显、极不利于创新人才的培养。学校软环境也不能很好地激发在职硕士的创新欲望，很多高校硬件设施的不足也抑制了在职硕士创新能力的发挥，填充式教学为主的教学方法也限制在职硕士创造性思维。
②科研成果转化不足。我国并没有规范科研成果的产业化，而目_成果产业化没有很好的转化平台，缺乏政府相关的支持。尽管每年我国高校有数万项科研成果通过鉴定，其中有30%以上的成果鉴定为国际首创、国际领先或者填补了国内空白，遗憾的是这些成果只有极少一部分转化成为实际生产力。此外，高校教师的评估体系注重课题和论文，至于研究成果有没有创新价值，能不能产生经济效益和社会效益，并没有很好的指标去评价。科研和社会的脱节使得很多教师缺乏创新研究的原动力。缺乏外在的经济载体、社会投资机制不畅、缺乏内在的动力机制是制约高校科研成果转化率低的三大瓶颈。
③科研资源配置机制不合理。按照国际通行的原则，科研经费应该包括稳定支持和竞争性支持两个部分，前者主要是面向研究机构，后者主要是面向科研团队。在我国，竞争性经费支持所占比例过高，导致科研人员在申报课题、应对检查和项目验收上占用了大量宝贵的科研时问和精力。而目_由于我国工资水平较低，稳定支持不足，存在科研经费使用不透明、不规范的现象—许多单位把项目经费提成作为科研补贴的重要来源。对在职硕士来说更是没办法获得这方面资源。
④科技人才评价机制失灵。在科技人力资源不足的情况下，我们往往把学历、职称等作为人才评价的主要标准，重资历、重学历、轻能力、轻业绩的现象比较普遍，行政化倾向比较明显，用“选官员”的方式、“求全责备”的思维、“学术有说服力”主导模式选拔评价创新人才，导致选拔不准确、评价不客观。因为创新人才往往埋头自己的业务，不善人际交往和平衡上下关系，有的专家有门阀观念，在评判学术水平方面并不有说服力。在职硕士更难以得到重视和对应的评价。
⑤学风建设问题突出。学风问题既与经济社会发展水平有关，也与一个国家科学技术发展的阶段有关，与科学技术自身发展的特点有关。学风浮躁、学术不正，积极、主动、开放的氛围缺乏，不利于创新型人才的成长，不足以吸引和留住优秀人才。因而也影响在职硕士的学风，不利于为创新能力培养打下扎实的知识基础。
⑥传统文化消极影响。我国传统文化不乏优秀的东西，也存在不利于科学技术发展的消极因素—尤其是“木秀于林，风必摧之”、“枪打出头鸟”、“一日为师，终生为父”等，很容易泯灭创新火花和创新精神。这种社会文化心理往往使敢于冒尖者被视为“冒失”，富有个性者被当成“不成熟”，打破常规者被看作“异类”，这与西方文化中“吾爱吾师，吾更爱真理”截然相反。还有，许多在职硕士一味跟在外国科学家后面亦步亦趋，不敢越雷池半步，言必称美国，言必称国外，泯灭个性，压制创新冒险精神。
⑦社会文化环境不利于创新。目前我国社会文化环境中存在着两种非常不好的倾向:一是官本位主义盛行，唯官唯上，一心想着做官而不是做事;二是拜金主义盛行，一切向钱看。这两种思想倾向反映到科技界，就是把“学而优则仕”作为重要的人生追求，在人才价值方面表现为重官轻才，一旦在学术上小有成就，科研人员往往把注意力转身谋求仕途发展。把使用科研项目经费规模作为判断学术价值的主要标准。这种现象也对在职硕士创新能力培养造成不利影响。
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