在职硕士的教育与本科生的教育最大的区别就是在职硕士科研能力的培养与提高。在职硕士通过参加科研活动，如，参加课题研究、进行科研训练、负责专项调查等等，在这一些列的科研活动下，在职硕士的研究能力与创新能力得到一定的提高，这是本科阶段的学习所不能达到的效果。
1998年8月，第九届全国人大常务会第四次会议表决通过了《中华人民共和国培养有专门知识和技能的人才的教育法》，其中第十六条第三款明确提出:“硕士教育应当使学生掌握本学科坚实的基础理论，系统的专业知识，掌握相应的技能、方法和相关知识，具有从事本学科实际工作和科学研究工作的能力。博士在职硕士教育应当使学生掌握本学科宽广的基础理论、系统深入的专业知识、相应的技能和方法，具有独立从事本学科创造性科学研究工作和实际工作的能力。”国家通过文件，法规的制定，强调在职硕士教育阶段要重视培养在职硕士的科研能力，这是在职硕士培养目标是否实现的具体体现，也是最有说服力的做法。在美国，20世纪60年代总统科学顾问委员会领导人格林·西博格所提出的:“基础研究和在职硕士教育是美国科学发展的关键和核心，30年来的经验说明了美国通过大力开展科学研究来培养在职硕士的做法是使美国科技领先、高级科研人员不断成长的重要途径”。
多年来美国一直坚持理论与实践的密切结合，不仅在专业上培养在职硕士的科研创新能力，而且在精神上带动在职硕士，使其具备探索精神，美国的在职硕士院可以一直在世界上处于领先位置，美国的科学技术可以超越的发展，这都是坚持培养在职硕士的科研能力的成功表现。
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