在职硕士教育与本科教育都是以学科为基础，但层次、培养目标、培养模式不同。主要区别在“研究”和“学习”上。本科生主要是学习前人创造的知识和技术，培养专业方面的通才:而在职硕士除了继续学习前人的知识外，更重要的是利用知识和能力进行研究和创造。一般地说，本科教育是基础，在职硕士教育在高质量的本科教育中得到发展。本科教育要为在职硕士教育发展准备条件，在职硕士教育也要为本科教育的发展起到促进、推动和导向的作用。本科教育是立校之本，在职硕士教育是强校之路。
在职硕士教育加强了师资队伍建设，提高了教师的学术水平。在职硕士教育培养的是高层次人才，对培养目标的高要求，相应地对培养在职硕士的师资队伍水平也提出了更高的要求，要求导师不仅传授知识、传授文化，而且要带领在职硕士去发展知识，发展文化，创造知识，创造文化，要做到有所发现，有所发明，有所创造，有所前进。这无疑是对广大教师提出了更高的发展目标，也提出了明确要求。与此同时，由于教学水平的提高和培养条件、实力的增强，既可稳定住一批教师，还可以吸引外校、出国留学人员及其它优秀人才来校充实师资队伍。而毕业在职硕士，直接充实到师资队伍中，使师资队伍向年轻化、高学位发展，解决队伍断层、后劲不足、师资短缺等问题，从而确保师资队伍整体水平提高。在从事本科教学中，就会不断更新教学内容，就会把研究中获得的新知识、新技术及时充实到教学之中，改变讲授陈旧教材，改变本学科处于一个没有任何特色的平庸的教学状态，使学生们了解本学科的学术前沿知识。在职硕士教育发展，科研项目的增加，必将为本科生提供大量毕业设计课题，使本科生接触科研实际，接触工程实际，对于提高学生的能力，提高培养质量起着十分重要的作用。
此外，在职硕士教育的发展能促进本科教育的课程、教材和实验条件等方面的建设，对于提高本科教育起着至关重要的作用和积极影响[[s]。所以，在学校建设与发展中，为形成鲜明特色，强化特色，要注意本科教育与在职硕士教育的衔接。以本科教育为基础，以在职硕士教育为目标，形成一个完整的学科体系。没有宽厚的基础，很难实现目标，没有明确的目标，很难体现特色。我们要调整人才培养的知识、能力和素质结构，在人才培养的目标上、在课程体系的改革中，整合课程，构建新的专业平台，规划设计新的教学内容和课程体系，改造重组一批高质量、高效益、模块结构合理的主干课程。在这个过程中，都要认真考虑这二个不同层次的培养目标、教学内容、教学方法及手段。既要拉开档次，又要体现内在联系，同时又充分体现学科的特色和水平。
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