学科结构性失衡和培养模式不适应社会需求，是影响在职研究生教育健康持续发展的两个重大障碍。不但使在职研究生的数量超过社会需要，而且造成在职研究生的质量不符合社会发展要求。表现在一方面许多高校一味追求数量和规模，却没有根据瞬息万变的市场需求确定白己的培养方向，专业设置与市场需求严重错位，导致低水平重复建设。另一方面高校大多按师资力量和专业的强弱来制定招生规模:根据专业导师的数目“按人头分配’，;科研任务和课题多的导师多分配，反之，则少分配;优势学科在职研究生多，其他学科在职研究生少。这种培养模式脱离了市场，脱离了社会需求，言目扩大在职研究生数量，畸形的培养模式所培养的在职研究生面对饱和的市场难以就业也不足为奇。
高校应进一步改革现有在职研究生培养模式，调整学科结构，改变这种带有计划时代色彩的做法，建立起保障在职研究生就业长效机制:首先，制定招生计划之前应该对地区产业结构和就业市场预先摸底和充分调研;在学科设置上应该考虑到地区经济发展的需求并与之配套;专业设置上也需要一定的前瞻性，不言目追求所谓“热门”专业，及时应对就业环境的变化。其次，在师资水平、实验室水平容量有限的前提下，高校应该加强白律，把工作重点放到提高在职研究生培养质量而不是数量上，要积极面对我国产业结构调整的客观实际和人才竞争形势，以市场为取向，及时调整学校的专业结构、学科结构、层次结构。
最后，建立多元化的在职研究生培养模式。一是培养模式目标定位应该多元化。随着培养有专门知识和技能的人才的教育大众化的到来，在职研究生的培养定位应该不仅仅局限于学术型的科研人才。由于我国当前以加工为主的外向型的经济，需要大量的应用型人才，因此应当通过改革在职研究生单一培养目标，分别培养学术型和应用型两种硕士，以适应社会的需要。二是在职研究生培养方式应该多元化。可以借鉴香港应大力发展兼职制在职研究生教育。如香港地区在职研究生教育相当重视在职在职研究生的培养。!3]在教学要求上香港高校在职研究生并没有全日制和兼职制的区别，在社会上二者的待遇也一样，而兼职制的申请者因具有较为清晰的职业发展方向和在职的工作，不但学习目标明确，而且大大降低了就业难度，减轻了社会就业压力。与之相反，由于培养体制的不同，内地相当一部分在职研究生由于培养方式的限制，需要辞去原来的工作来完成学业，毕业之后需要再次寻找工作，增加了就业的成本，给社会就业带来了额外负担。
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