在总结工程硕士创新及应用能力培养目标和要求，分析了工程硕士创新及应用能力培养的关键性要素，剖析了我国工程硕士培养中存在的问题的基础之上，根据社会、市场对工程硕士的新要求以及国家教育部门对工程硕士培养的相关规定，构建了工程硕士创新及应用能力培养模式。
首先，根据校外环境提供的经济、社会人才需求信息，分析用人单位对工程硕士研究生在创新能力和实践能力方而的总体要求，并将创新能力要求具体分解为创新意识、创新思维、创新实践等方而的要求;将实践能力要求具体分解为人格、知识结构、能力结构和操作技能等方而的要求。其次，根据培养单位的具体条件，设定具有特色且能发挥自身优势的工程硕士研究生培养目标，并依此设计工程硕士研究生培养内容，选择培养手段，制订培养制度，建立培养评价机制。
再次，依托工程硕士研究生培养内容、培养手段、培养制度和培养评价等营造校内环境;打造导师队伍，规范导师行为，激励导师队伍;健全和完善工程硕士研究生培养的入日、过程和出日管理制度。最后，通过校内环境、导师队伍和开始、过程、结束等环节的管理制度，共同完成工程硕士研究生创新能力培养任务，并将毕业生输送给校外环境，完成工程硕士创新及应用能力培养模式的一个运行周期。工程硕士创新及应用能力培养模式下一个周期的运行，需根据用人单位的反馈意见和经济、社会对人才的新需求，对原有模式进行修订和完善以后再运行，以此类推。
该模式强调工程硕士培养要兼顾创新能力培养和实践能力培养。因为实践是创新的源泉和目的，创新是实践的动力。
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