工程硕士教育质量保障体系的建立包括校内质量保障体系和外部质量保障体系两个方面。校内质量保障体系是工程硕士质量的基本保障，外部质量保障主要起到监督和促进作用。
高校内部有必要建立起工程硕士教育质量保障体系。这一体系包括质量管理体系、质量监督体系和质量反馈体系。
质量管理体系。第一，要设立专门负责工程硕士管理的机构。目前由于工程硕士的招生人数较少，还没有对工程硕士和工学硕士的管理进行区分。鉴于成本和效率的考虑都是一起进行管理，但是随着以后工程硕士招生人数的扩大，一定要有专门的管理机构成立，可以依托于现有的工学硕士管理部门。由于工程硕士需要进行实习，而且其课程选修也与工学硕士有所差异，培养时间、修业年限上都有所差异，各项事务的安排会和工学硕士有差异，因此需要独立的机构负责对其进行管理工作。第二，建立专门的管理程序和制度，对工程硕士的招生、培养与学位授予过程进行全面管理。
质量监督体系要设有专人负责对工程硕士的培养质量进行监督。包括学科专家、企业专家、学校领导、以及学生代表共同负责对整个培养过程进行监督。学校同时要设有质量反馈体系，让学生、教师以及管理人员对其存在的问题进行及时反映，并能得到重视。对研究生的管理可以利用信息化平台，对学生的管理、质量监督以及反馈都可以通过网络的方式进行，这样还可以方便在学生教师实时进行操作和管理。
外部质量保障体系的建设。在我国工程硕士培养过程中，成立了工程硕士指导委员会，负责指导工程硕士的培养，推行新增工程硕士领域审核制度，以及对开展工程硕士培养的单位进行评估。在工程硕士培养过程中要继续推进。并且在工程硕士的评价体系中可以更加注重企业的参与，增加第三方评估，使工程硕士的评估成为推动工程硕士发展的动力。
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