在职研究生教育信息网老师分析造成工程硕士培养问题的原因，我们认为既有教育体制内部的问题，也有教育外部环境与条件方而的问题。
首先，工程硕士的培养目标不够明确，高校对专业人才培养的重视程度不够。工程硕士与工学硕士属于两种不同的培养模式，在其培养目标上应当体现必要的区分，但由于观念和其他方而的限制，当前人们对工程硕士学位培养目标的理解并不充分，对专业人才培养的重视程度也远不如学术性人才。同时，围绕不同于以往学术教育的工程硕士教育目标，学校还需要进行各项制度的改革与完善，但由于种种原因，高校从管理人员到教学科研人员并没有对教育改革投入更多的精力与热情。因此，要推进工程硕士教育的发展，首先要明确工程硕士培养目标，提高高校对专业人才的重视程度。
其次，还没有建立起能够适应市场需求及其发展变化的人才培养机制。其突出表现是企业与学校沟通不够。由于价值取向和看待问题的角度不同，企业和学校对于工程硕士教育存在不同的认识:作为人才培养的主体，高校对于工程硕士培养目标的界定往往受到传统学术性教育的影响，高校的管理者与教师往往从局部的、教育的层而考虑工程硕士培养;而作为人才需求的主体，很多企业还没有主动参与工程教育的意识与机制。虽然政府对工程教育的方针和方法已有明确的规定，但由于企业和高校对于工程硕士培养目标的认识往往从各自的功利出发，带有自身利益的狭隘性。因此政府、企业和高校围绕共同的目标形成良好互动的有机体十分必要。随着市场机制的不断完善，应尽快构建能兼顾政府、高校、用人单位的责权利，站在高层次应用型人才培养的高度思考和运营我国的工程硕士教育。
其次，相关制度不健全。我们在考察关国的工程教育时发现，关国工程硕士质量的保证不仅依赖于科学的教育管理机制和悠久的校企合作传统，更依赖于严格规范的专业认证制度与资格认证制度，而我国在相关制度建设上的投入非常不足，不仅没有通过工程专业评估对制度对工程硕士的培养过程进行监控，也缺乏必要的资格认证制度对毕业后的工程硕士的职业发展加以引导，而仅靠高校自身的力量来保证工程硕士的培养质量，显然是不现实的。
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