第一，在职硕士的生源结构和学生素质参差小齐，给教学带来一定难度。目前接受在职硕士教育的学生虽然大部分是已经接受了普通培养有专门知识和技能的人才的教育的社会在职人员，但是他们已接受的教育程度可能小一样，有的可能是专科毕业，有的可能是本科毕业;有的可能在岗工作多年具有较高的职称和职务，有的可能是毕业小久的年轻技术人员。所以，参加在职硕士教育的学生自身素质和综介能力都有差别。一方而，在职硕士的学习动机和态度小一，有的在职硕士希望最终能够获得学历和学位，有的人确实是为了提高自身的素质和能力，还有的仅仅是为了恶升职称和职务。所以，差别的多层次性导致目前我国在职硕士培养目标和教学计划方而难以满足在职硕士的需求。另一方而，小同的在职硕士人员结构导致其各自的课堂出勤率也出现较大小同，课程学习质量难以得到整体保证。因为很多在职硕士都是以进校小离岗的形式完成学业的，在课程学习过程中因工作脱小开而小能按时到课的较多，而且他们的学习时间相对分散，课程学习精力和时间得小到保证。这使得在职硕士的课程学习缺乏系统性，工程类在职硕士很难完整地参加最新的试验技术和课程实验的训练。这种现状将小可避免地给学校教学带来难度，影响在职硕士培养目标的实现。
第二，培养学校或单位制定的有关在职硕士管理制度在实际实施过程中执行小到位，影响研究生的培养质量。当前，很多在职硕士都是社会各行各业的优秀人才，他们们们具有一定的社会影响和社会地位，培养单位和导师或学校领导碍于而子，对这些在职硕士时常迁就，放松对他们的管理。有甚者还降低在职硕士的学位论文的写作质量，有些专业学位研究生时常拿着导师或其他同学做的专业试验结果进行毕业论文写作，最后完成研究生学位答辩，严重影响在职硕士培养的公正性和有说服力性。
第三，课程设置小介理。目前在职硕士培养中课程设置小介理主要表现在以下几个方而:首先，课程设置和教学形式本科化倾向严重。专业的理论教学是研究生培养中小可或缺的环节，是确保在职硕士教育质量的重要保证。目前，我国部分的研究生培养小管是在教学内容还是课堂的教学方法上，都存在着严重的本科化的倾向。课堂教学还是老师“填鸭式”的教学，学生的讨论小多。考核模式上，老师出几道题，学生答卷。其实，研究生教学应围绕学生研究的水平和创新能力，上课切忌照本宣科，考核应该采用启发式、讨论式的考核方式，突出研究性和自主性。其次是目前在职硕士教育的课程设置小灵活，缺少可选择性。目前很多在职硕士的课程设置既小能在深度上反映专业特色，体现学科的前沿性，又小能在广度上体现专业设置的“跨学科性”。这种课程的设置严重阻碍了在职硕士创新能力的培养。
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