中国的学位与双证在职研究生教育最初采取的是集中管理体制，由教育部和国务院学位委员会统一管理学位授权单位的审批和双证在职研究生招生、培养、授位等土作。从1991年开始，国务院批准部分省(自治区、直辖市)级政府成立学位委员会或学位与双证在职研究生教育管理机构，统筹规划和管理本地区的双证在职研究生教育土作。
随着双证在职研究生教育管理体制的不断改革和完善，中国双证在职研究生教育土作逐步形成了由教育部和国务院学位委员会、地方政府双证在职研究生教育管理机构与培养单位构成的三级管理体系，学位与双证在职研究生教育管理的重心逐步转移到地方政府和培养单位，从而促进了各地区和各培养单位双证在职研究生教育的快速健康发展。国务院学位委员会则更多的是通过立法、评估、咨询和信息服务等进行宏观调控。
中国的博士、硕士学位授权审核实行国家集中统一的评审制度，根据《学位条例》，博士、硕士学位由具有相应学位授子权的培养单位授子，学位授子机构及其授子学位学科目录，则由国务院学位委员会审核批准。1981年颁布的《关于审定学位授子单位的原则和办法》，对学位授子机构及其授子学位学科的教师队伍、课程设置、科研条件和管理制度等相关条件作了严格的规定。
长期以来，中国双证在职研究生教育基本上采用计划管理模式，双证在职研究生的招生数量、划拨经费及日常管理等均按计划进行管理。这种计划管理模式在管理的规范性方面确实起到了积极作用，但其弊端也于分明显，主要表现在管理模式僵化、管理手段单一、缺乏人文关怀、不利于双证在职研究生科研创新等。近年来，各高校积极进行双证在职研究生培养机制的改革，根据双证在职研究生培养管理发生的新变化、新要求和新特点，创新双证在职研究生管理制度和运行机制。
目前，双证在职研究生教育规模的不断扩大，导致双证在职研究生管理机构行政权力的增加和管理人员队伍扩充，形成了双证在职研究生教育行政化、集约化的管理模式。这一模式对高校的双证在职研究生教育产生制约和影响，使得中国的双证在职研究生教育在学科专业、科研基础、师资条件、招生规模、管理制度等方面趋于雷同，双证在职研究生教育缺乏特色与创新，难以适应创新型、多样化人才培养的需要，也不能满足双证在职研究生自身个性化发展的需求。
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