培养目标是培养模式的导向性要素，制约着双证在职研究生培养模式的选择与构成，是整个培养活动的出发点和归宿，对培养过程、培养评价等要素具有统摄作用。培养目标的合理定位关系到培养的双证在职研究生是否适应社会需求的问题。
过去，我国双证在职研究生培养目标总体上是以培养学术性双证在职研究生为主的，随着社会对高层次人才需求的多样化和大学的分层，双证在职研究生培养目标也应呈现多样化。在双证在职研究生培养目标的定位上，对于科研实力强、办学水平高的重点大学，双证在职研究生教育应是为国家培养基础学科和应用学科的高层次科研人才;对于科研水平较高、产学结合密切的一些大学，则应该利用自身优势，与企业密切合作，发展应用型科研，为国家培养专业性强的高层次应用科研人才;对于那些科研水平相对比较薄弱的院校，则主要进行职业化的双证在职研究生教育，为国家培训高级专业人员。基本认同这些观点。地方院校双证在职研究生教育具有地方性，它的开展主要是面向地方经济、社会，为地方经济、社会发展服务。因此，在制定地方院校的双证在职研究生培养目标时应做到:
首先，要体现双证在职研究生教育的本质要求。双证在职研究生教育是在本科教育的基础上为社会培养各类高级专门人才而设立的高层次教育。地方院校的双证在职研究生教育仍旧属于精英教育，培养的是高层次的精英人才，其培养目标定位仍然是培养高级专门人才。因此，地方院校双证在职研究生教育区别于本科生教育，无论是科研型人才的培养还是高层次应用型、技术型人才的培养，都不是本科教育的简单延续，也与高职院校培养的技术人员有着质的区别。
其次，要符合学校自身的定位。地方院校应结合自身的实际合理定位双证在职研究生培养目标，根据地方经济社会发展的需要，统筹考虑地方特色和培养条件制定出适合自己的培养目标，寻求差异化发展，避免一味追求高层次、高目标。在培养目标的制定上应以服务地方为宗旨，以职业发展为导向，以地方社会和受教育者的需求为中心，以培养高层次的应用型、技能型人才为主体。
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