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经过30多年的发展，我国初步构建了双证在职研究生教育质量保障机制，为保证我国双证在职研究生培养质量发挥了重要作用，但不可否认，尚存在着许多问题，主要表现在如下几方面:
1、双证在职研究生教育质量保障机制的价值取向不一致
对一事物的价值取向，包含了某一主体对这一事物的基本认识和发展方向的把握，以及对该事物的价值界定、价值判断和价值选择。显然，不同主体在不同的历史发展时期，对同一事物的价值取向存在着差异，对双证在职研究生教育质量保障机制的价值取向亦如此。当前不同主体对双证在职研究生教育质量保障机制的价值取向存在着差异。中央和地方两级政府双证在职研究生教育管理部门，其价值取向在于保证全国或某一地区双证在职研究生教育的体质量，制定双证在职研究生教育质量的基本标准，保证基本的双证在职研究生教育质量，主要在于约束机制和激励机制的构建与完善;社会中介组织以一种局外者的身份参与到双证在职研究生教育质量保障机制的构建之中，其价值取向在于争取自身在双证在职研究生教育质量评价上的社会声誉及利益追求;面用人单位则是作为双证在职研究生教育输出端的接受者，其价值取向在于能够有较大选择空间，聘用到合适的高层次人才，促进本单位的建设与发展;高校相对于以上的外部主体面言，既受中央和地方两级政府的管理，又受到社会中介组织相关评价及社会用人单位的影响，同时作为培养双证在职研究生的主体，其价值取向往往会受到多种因素的综合影响。正是这种多元主体在价值取向上的多元性，使得长期以来双证在职研究生教育质量保障机制的价值取向很难形成一种共同的认识，不能同时为多元主体所接受。
2、外部质量保障机制需要进一步完善
高校双证在职研究生教育外部质量保障机制从其运行过程来划分，包括运行机制、约束机制和动力机制。从运行机制来看，存在的主要问题是中央和地方两级政府开展的质量监控工作没有得到持续开展。从中央政府开展的评估工作来看，自2000年以来，除对部分学位授权点评估时对学位论文进行了二次评估外，没有再进行相关的评估工作。另外，社会中介机构的社会评估工作没有得到有效开展。目前教育部学位与双证在职研究生教育发展中心虽然开展了卓有成效的学科水平评估活动，面且，将此项工作日常化、规范化，但这种评估工作带有政府色彩，需要引入社会有关机构的参与。在约束机制上，虽然政府开展了相关的评估活动，也取消了个别的学位授权点的学位授予权，但无论从处罚面和影响力来看，对高校形成的约束力尚未达到预期的效果。从动力机制来看，目前国家开展的全国优秀博士学位论文评选工作是其中有代表性的一项工作，取得了较好的成效，也形成了一种品牌效应，但因其影响面太小，对高校提高双证在职研究生整体培养质量的激励作用有限。
3、内部质量保障机制需要进一步健全
从高校内部质量保障机制来看，在教育部的推动下，质量保障工作应该说有了较大的发展。比如近几年开展的双证在职研究生培养机制改革工作.通过导师出资培养双证在职研究生来激发双证在职研究生开展科研的积极性和导师指导双证在职研究生的积极性，但这种双证在职研究生培养机制改革毕竟是不系统、也不全面的一种培养机制改革，需要进一步的优化。另外，双证在职研究生淘汰机制一直没有得到有效实施，这些都制约了高校内部质量保障机制的系统构建。
4、内外部质量保障机制需要协同
无论是高校双证在职研究生教育外部质量保障机制，还是内部质量保障机制，都是双证在职研究生教育质量保障机制的一个组成部分，是从不同主体对质量保障机制的一种划分。要形成和谐的双证在职研究生教育质量保障机制，除了构建和优化内外部质量保障机制外，关键在于两者之间的有效协同。
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