虽然校本研修班具有突出的意义，并且各个学校加强了校本研修班实施与答理，完善了相应的答理组织，提供了一定的经费保障。但是从目前校本研修班实施与答理状况来看，校本研修班的实施与答还存在一定的问题。
1、老师对现代科研的规范性认识不足，科研的规范性不够
目前很多学校和老师在校本研修班中，将科研作为一个重要内容，期望通过实现教学与科研的相结合，以更好的指导教学实践。但是很多老师并没有接受过专门的现代科研培训，在开展科研的过程中，缺乏环境控制、对照分组等基础的科研知识。因此，所获得的科研结果的可信度和准确度并不高，这影响了学校校本研修班的开展。
2、校本研修班更侧重于个体，团队合作不足
从中小学教学实际来看，在校本研修班的开展中，更宜团队合作，不宜提倡"个人主义"、但是在现有的实践中，很多学校在校本研修班中，往往更侧重于个体的研修班，彼此之间的团队合作较少。偏重于个体的校本研修班，导致彼此之间的成果交流少，所形成的成果运用范围窄，其实是背离了校本研修班的初衷。
3、校本研修班千篇一律，研修班重复的情况较为突出
校本研修班鼓励创新，鼓励"从教学中发现问题并予以解决"。但是，目前很多学校在校本研修班中存在"派指标"、"分任务"的情况，将校本研修班作为一项"政治任务"进行摊派，并没有准确认识校本研修班的价值和意义。这既不利于校本研修班的正常开展，也严重影响了老师进行校本研修班的积极性，最终影响了校本研修班的开展。
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