(一)思想政治教育缺乏实效性
在在职博士教育中，思想政治教育和知识理论教育没有实现完美结合、互相促进。人们普遍认为在职博士阶段的主要任务是研究课题，专心做学问，从而忽视了对在职博士世界观、人生观和价值观的教育。有的在职博士在而对个人利益与集体利益、个人利益与国家利益时，将个人利益凌驾于集体和国家之上，将个人利益居于首要位置。高校教育工作应总结经验教训，加强马克思主义理论课的内容的针对性，理论结合实际，解决在职博士思想政治问题。
(二)文理分家，缺乏人文素质
“学好数理化，走遍大卜都不怕”的思想在理工科大学中影响较大，导致理工科在职博士的语言表达能力和文字能力相对薄弱，文明礼仪修养欠缺，对中华民族的传统文化一知半解，缺乏创新思维。恩格斯曾经说过，一个民族要想站在科学的最高峰，不能没有理论的思维。作为人文素质重要组成部分的历史哲学思维是创造力的翅膀和创造实践的航标。因此，人文素质是在职博士的必备素质。
(三)重视专业理论研究，缺乏实践创新能力
由于资金、学校环境等一些客观的原因，部分专业的在职博士论文选题方而更多地偏重理论，研究工作多在校园里进行，在理论联系实际上考虑不够，众多研究成果束之高阁，与企业对科技成果转化为生产力的迫切需求形成了强烈的反差。随着市场经济体制的建立，越来越多的课题来自企业，越来越多的在职博士走向企业。近年来，在职博士的培养在理论结合实际方而迈出了一大步。但是，在在职博士培养方而，还很少有人像企业考虑产品适应市场那样考虑在职博士适应企业的需求。在在职博士培养过程中，考虑最多的是如何使他们获得足够的学分，如何使他们能顺利地完成科研项目的部分工作。
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