随着国家现代化建设的发展，国家分配给中国协和医科大学的博士生招生计划也逐步增加，但国家计划内招生指标增加的速度低于博士生导师的增长速度。1993年以来，博士生导师平均每年递增18.1%，而国家招生指标每年只递增7.5%，1997年在岗博士生导师与招生指标之比为17：1，其中有些知名学者、院士，要求同期招收研究生往往不止1名，使招生指标长期处于“僧多粥少”的矛盾中。过去采取“平均分配、轮流招生”的办法。对管理部门来说既简单、省力，又可将矛盾转移不承担任何责任。但这样做的结果是：一些垦待发展的重点学科难以得到保障，一些用人单位急需的人才得不到满足；另一方面，有些导师担心指标落空而降低录取条件，尽管科研经费不足，课题未定，也不愿失掉机会，从而影响博士生的质量.为解决这些问题学校改变了过去惯用方式，确定了“按需分配招生计划”的指导思想，使招生计划的分配适应社会需求的同时，又能保证质量。
所谓“按需”，主要是指国家经济建设和社会发展在当前和今后几年对各类专业人才的需求以及培养单位自身学科建设发展的需求，前者为外在需求，后者为内在需求。准确地了解这些需求情况是很困难的。对于外在需求，除得到有关部门有限预侧数据和新闻媒界的零星报导外，最直接的是从研究生的分配情况、用人单位以及考生报考专业的倾向上得到信息。对于内在需求，则要根据全校整体发展建设规划和各专业课题申报的情况来决定。导师们更多关心的是招收博士生的数量与完成课题的关系口作为学校要从整体考虑，全面分析研究，以保证培养质量为前提分配招生指标，既要适应需求，也要切实可行，协和医大在分配博士生招生指标时，注意掌握以下几个原则：
(一)足够的培养条件即合格的实验室及必要的仪器设备：临床生需有足够的床位；有课题，有经费，有导师梯队；必要的住宿条件、博士生管理工作到位，有专人负责。这些是培养高质量博士生必须具备的基本条件。
(二)向重点学科点倾斜重点学科承担着国家、部委重点课题研究，具有良好的培养条件及高水平的学科带头人，研究生做为科研力量的一部分，在参加攻关项目的同时也得到了锻炼和培养，质量有保证。因此对于重点学科点招收博士生指标，可越过系所一级直接由学校下达。协和医大现有的33个博士生招生专业中，重点学科点占21%，1987年至1997年招收的博士研究生占协和医大总计划的31.6%。
〔二)重视定向生培养现有的博士毕业生很难分配到基层工作单位。由用人单位选拔自己的优秀专业人员到学校进行深造，毕业后再回去仁作，这是社会当前最实际的“需求”。在实施中，坚持生源全部由用人单位选派，毕业后均回原单位工作，坚决杜绝“假定向”。在下达招收定向生名额之前做好导师的工作，使其热情接待，认真指导。
(四)向培养临床医学研究生倾斜在临床规范化培训制度尚未走上正轨的情况下，要特别关心临床医学博士生的培养，以培养具有较高临床实际工作能力和应用型高级专门人才为目的。近年为增加基层医院临床第一线医务人员报考研究生机会，协和医大尽力挖潜，创造条件，扩大临床研究生招收名额。截止到1997年，学校共招收临床医学博士研究生439名。
(五)结合制订招生计划，遴选博士生导师引进竞争机制，导师竞争上岗，使有限的招生指标真正落实到具备招生条件的导师，从而保证培养质量。
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