目前我国在研究生创新教育工作中存在诸多不足，主要表现为以下几个方面。
1.教育模式陈旧，观念滞后。
目前我国大部分院校仍采用传统的“学科式”课程体系，虽然有助于学生系统地掌握专业知识，但同时也易造成学生知识面狭窄，更不利于根据其研究领域的需要形成完整的知识整体。其次，大部分高等院校仍采用“灌输式”的教学方法，这种单纯停留在灌输书本知识的方式阻碍了学生与教师进行有效的沟通，忽略了对研究生自我思索、发现问题，解决问题能力的培养，易使学生缺乏主观能动性和创造性，扼杀了学生的原创精神。
2.教育理论研究停留在较低水平。
我国研究生教育理论研究起步较晚，研究仍停留在较低水平，尚未建立起适合时代要求的理论体系，而研究生教育创新实践的理论研究尚处于起步阶段。
3.高等院校的体制对研究生教育创新不利。
目前，我国大部分高等院校中，“官本位”的色彩较浓，不利于吸引大师，而且发挥不了大师的作用;同时对研究生教育管理太死板，不能充分调动全校师生的积极性，没有营造鼓励创新的校园环境，不利于创新。
4.现行的导师制度存在的问题。
高水平的导师队伍有利于博士生研究思路的深人和把握前沿的研究动态，是培养高质量人才的基本保证。然而，近年来我国导师制度在实施过程中存在着一些不足，主要表现为以下几个方面:(1)目前的导师制度尚未实行竞争和淘汰机制，导师终身制依然存在，以致一些学者当了博士生导师后就进了“保险箱”，在后台做起了“老板”，遥控学生做实验，对自身要求也降低，知识日益老化，不利于自身发展，也不利于研究生的培养。(2)师生比例严重失调:近年来随着我国研究生扩招规模的迅速增长，使得导师平均指导研究生的人数成倍增加，导致了师生比矛盾的突出。数据显示，有些高校的研究生与导师的比例约为24:1，是合理生师比的3倍多，研究生管理工作呈现“放羊”状态。此外，由于导师的学术水平、指导能力等方面的差异，也加重了研究生与导师之间比例的失衡。一部分优秀导师门下的研究生相对集中，而另一部分导师由于缺少课题与科研经费，几年也带不上一个研究生。(3)异常的师生关系:目前大部分导师与研究生的关系犹如“老板”和“雇员”的关系。导师重视科研成果，轻视对学生的人文培养;重追逐功利，轻视研究生素质的提高。而学生则重视获得学位，轻视自身能力的提高等。学术的浮躁，异常的师生关系，势必影响研究生培养质量的提高。
5.博士生水平参差不齐。
优秀生源是培养高质量人才的前提，目前我国的博士生生源水平参差不齐，有些学校或某些专业往往报名人数比招生人数还少，此外，在博士生招生中往往以分数择优，加之我国学生从小教育都习惯于跟着教师走，教师也喜欢“听话”的学生，这在客观上扼杀了学生的创新精神。
以上这些弊端，是多种因素形成的，也是我国原创性的科研成果较少的原因之一。因此，不难看出，今天提出创新教育、特别是研究生创新教育是历史的必然。
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