地方院校在职研究生教育与中央部委院校在职研究生教育存在着很多差异，在此，主要从经费投入、教育规模、学科建设、师资力量等方面进行对比。
经费投入差距悬殊。在研究生教育的培养经费方面，地方院校与部委院校是不同的。地方院校的研究生培养经费主要由地方拨付。而地方政府拨付给所属院校的教育经费，与该省的财政能力密切相关。在拨款方式上，部委院校按照学生数拨款，学生人数增加，拨款数相应增加，但不少省份对地方院校的拨款却是以某一年基数拨付，有的高校人数实际增加了好几倍，但经费却并没有增长〔州。经费不足，给地方院校研究生的培养过程带来了困难。
规模差距悬殊。地方院校在职研究生教育规模在近些年得到了很大的扩展，随着培养有专门知识和技能的人才的教育的大众化以及地方院校本身的合并、升格，地方院校的在职研究生教育经历了从无到有，从小到大的发展历程，但与部委院校相比，这些院校的研究生教育规模还是比较小的。例如，江西师范大学目前在校在职研究生规模为3000人左右，而华东师范大学截止到2006年6月在校在职研究生规模己达8000人左右
学科建设差异大。地方院校在职研究生培养的学科门类没有部委院校齐全。在学科建设方面，部委院校学科门类比较齐全，形成了比较系统化的学科门类。地方院校由于受到办学历史、地理位置、服务面向、师资力量等方面的限制，其学科建设还有一段很长的路要走。即使一些历史较久的地方院校，在新兴学科建设方面也不及部委院校。比如，江西师范大学有10个硕士学位授权一级学科，79个硕士学位授权专业，3个专业硕士学位授权专业。而华东师范大学硕士学位教育涵盖了9大学科门类、8个一级学科硕士学位授权点，170个二级学科硕士学位授权点(其中23个自主设置二级学科硕士学位授权点)，4个专业学位授权点。
师资力量对比悬殊。地方院校师资力量比较薄弱。地方院校在职研究生导师一般是来源于地方，在师资队伍建设方面往往会出现人才医乏的现象，由于地方院校受地域或科研设备等方面的限制，一些优秀智力资源很少选择地方院校作为其发展的平台，相反，地方院校所培育出的优秀教师，也往往会选择去更好的部委院校发展。无论在学历指标上还是在科研指标上，都不能与部委院校相比。而部委院校由于科研经费是充足的，吸引了全国乃至国际范围内的研究人员，其研究的课题往往是前沿性的。
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