合作教育是一种新的在职研究生培养形式，其培养目标定位于企业高级研发技术人才，人才培养过程和在职研究生毕业后的去向都与企业需求相联系。尽管《中华人民共和国学位条例》关于授予硕士学位的学术水平要求包括了“具有从事科学研究工作或独立担负专门技术工作的能力”的条件，但由于研究型大学传统的学术追求并不在高级研发人才的培养上，所以，对在职研究生的要求主要表现在从事理论或实验室科学研究的能力上。自1990年以来，我国大学开展了专业在职研究生教育，对企业技术力量的培养发挥了重要作用。但专业学位教育以专职人员为招生对象，而将非专职人员排斥在外，使得企业高级研发人才的培养难以在更大范围内开展。因此，打通企业高级研发人才培养渠道，面向广大工业企业开展应用型研究生教育，是我国在职研究生教育制度改革的重要环节。
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合作教育的一些措施和做法与现行的在职研究生教育政策和管理制度也存在冲突，如企业在职研究生导师的遴选与聘任;在职研究生培养计划中企业部分的质量标准与质量保障;在职研究生在企业期间的学籍管理;在企业期间的待遇、合作教育的学位论文选题与质量评价标准等，在现行的在职研究生教育政策和管理制度中都未曾涉及，属于空白地带。制度的缺失对在职研究生合作教育带来诸多限制与不便，影响大学和企业双方的合作积极性。不论是政府有关部门还是大学，都应当根据在职研究生教育发展的新形势和新任务，加大在职研究生教育制度改革力度，不断丰富和完善在职研究生教育政策和管理规章，将合作教育纳入政策和制度范畴，使合作教育工作有章可循。
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