当前我国在职研究生课程教学存在的主要问题是，课程内容陈旧，与本科内容重复，研究性和前沿性不够，教师授课的方式仍然以灌输式为主。也就是说，在职研究生课程教学存在一定程度的“本科化”倾向。
首先，课程内容的“本科化”。它主要表现在以下三个方面:一是硕士阶段课程内容与本科阶段大量重复，这一现象对于那些本硕就读于同一学校的硕士生来说尤为明显。二是硕士阶段课程内容在深度、难度上与本科课程差距不大。据调查，从总体上看，有56.2%的硕士生认为其所学课程内容与本科阶段没有多大差距，而很少有学生反映所学课程较难或很难。三是前沿性知识在在职研究生专业课程中所占比重不高。有超过一半的硕士生认为其专业课程内容中的前沿性知识比重过低，相当大比例的博士生也持相同看法。应该说，大量陈旧、重复的教学内容，必然导致在职研究生知识面的狭窄，研究视野的局限，从而妨碍在职研究生科研能力的培养和提高。
其次，课堂教学的“本科化”。我国现行的在职研究生课堂教学，在某种程度上还存在“教师讲，学生听”的传统课堂教学模式。这种模式以教材、课堂和教师为中心;教师大多采用以讲授为主的教学方式，而且在讲授中又侧重于单方面的灌输;授课往往过分讲究完整，重结果轻过程;教师比较习惯于通过灌输把现成的知识和结论直接塞给学生，以教师对教学内容的理解过程代替学生学的过程，致使学生被动听讲，参与较少。此外，还有一个不容忽视的现象是，有的教师把课程教学全部安排给学生来讲，而教师本人投人到课程教学上的精力非常有限，对学生疏于引导、点拨、释疑和把关。应该说，以上两种课程教学模式都难以保证教学质量，也都不利于学生科研能力的培养。
既然在职研究生课程学习的主要目的是为科研训练服务，那么对课程内容和教学方式就应该有不同于本科生的要求。美国学者在谈及本科生科研时指出，“重要的是研究成为正规课程的一部分，我们并不想让学生参与不同的课程或暑期科研计划。我们希望他们通过正规的课程学习获取研究经验。我们认为这一观点同样适用于在职研究生教育。
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