从现有的法规性文件与文献资料来看，普遍的观点是“我国的在职硕士培养实行课程学习与学位论文并重”，也就是说对课程的理解仅限于理论课程，而将课题研究等科学研究活动为主要形式的实践性课程排斥在外，因而出现了理论课程与实践课程脱节的现象。因此，迫切需要变革这一陈旧的课程思想，从而将知识学习与科研活动统一起来，共同服务于在职硕士研究能力的培养。另一方面，我国的在职硕士课程目标相对单一，局限于教学科研型学术人才的培养。虽然，目前己有工程、临床医学、教育等11种专业性硕士的培养工作，但由于我国单一学术性人才培养的教育传统，在专业性硕士培养中仍然有较多的学术型人才培养倾向。
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由于课程理念片面强调课程即知识，课程是指课业及其进程，因而在职硕士课程十分注重理论课程，在在职硕士培养中的课程学习仅指理论课程的学习，而对社会调查、课题研究、学位论文等实践课程重视不够，尤其是对学位论文也往往是重结果而非过程。因此，我国在职硕士的学位论文普遍质量不高，在职硕士的研究能力相对较差。即使在理论性课程教学中，教学方法也比较单一，教授讲，在职硕士听，师生间的交流与讨论少，思想的交锋与碰撞更少，培养的在职硕士基础知识扎实，但问题意识淡薄，创新能力不强。
我国的在职硕士课程普遍存在着专业设置口径偏窄，课程设置较窄又过于专门化的倾向。一些高校将学位课程与课题研究等同起来，有的在职硕士导师按其所研究的课题来安排课程体系和教学内容，而不是根据专业培养目标设置学位课程，甚至有的导师设置学位课程仅仅限于他们自己所从事的专业中的某一研究方向范围内。课程内容陈旧是当前在职硕士课程的又一问题，现行的学位课程，着重介绍经典内容，忽视了用新的科技成果来充实教学内容，没有及时反映本学科专业领域的重大成就和前沿成果。
在职硕士教育培养的是高层次的人才。作为高层次人才，首先是高素质的“人”，然后才是高层次的“才”。但从我国现有的在职硕士课程来看，普遍缺乏提高在职硕士人文素质的课程。政治理论课强调马克思主义理论的指导思想地位，缺乏更宽广的人类历史文化背景。在科学课程中强调科学结论、科学知识的传授，忽视科学过程、科学方法、科学精神的教月。
我国在职硕士的学习年限一般为2-3年，在职硕士课程包括学位公共课(马克思主义理论课2门，即《科学社会主义理论一与实践》、《马克思主义经典著作选读》(文)或《自然辩证法》(理)和第一外国语)，学位基础课(不少于2门)，学位专业课(不少于3门)，和选修课(不少于4门)。虽然在职硕士课程实行学分制，但仍以学年制为主，在职硕士对课程选择的自主权不大，一些课程名为选修课.，实为必修课，所谓学分制，只是将原有课程赋以相应的学分，并未体现出学分制所具有的学生只要修满学分就可毕业的弹性优势。
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