加强管理体制改革，促进合作教育长久持续运行。借鉴合作教育模式的运作方式，河海大学与行业重点单位签订合作协议，依托河海大学在职研究生培养基地建设方案，明确各方的权利、责任和利益，制定相关规章制度，改革管理体制与运行机制。由双方工作人员组成的在职研究生培养基地管理委员会负责解决合作教育发展中遇到的突发问题和影响合作教育发展的重大问题，尤其是产品研发过程中产生的专利问题、涉密问题、产品或工程项目的利益分成问题。在职研究生培养基地管理委员会卜设的办公室配有专门的管理人员负责日常运行工作，保障了合作教育的顺利实施和可持续运行。
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强化在职研究生培养基地建设，确保培养工作顺利进行。为解决在职研究生培养基地远离学校、地域分散的难题，河海大学与合作单位建立完善交流协调机制，采取各种有效措施加强联系，确保工程硕士在职研究生培养工作的顺利进行。河海大学加强信息网络建设，完善在职研究生信息管理系统，开发校外导师信息数据库，实现远程教学管理信息自动化;学校信息中心集成校园网络优势，充分整合各类信息系统，建设“河海大学信息门户平台”，为广大师生提供了一个远程登录、个性化定制的信息界面;河海大学在职研究生院增设合作培养办公室，专门负责基地工程硕士的事务管理工作，充分利用网络资源，为广大师生和企业搭建交流平台;学校图书馆还开辟了远程登录功能使在外工程硕士可以轻松获得图书馆的各种资源，给远程学习、查阅文献、撰写论文等提供便利。
完善“奖助贷”体系，促进工程硕士教育发展。贯彻落实教育部相关文件精神与要求，确保工程硕士生与学术型在职研究生一视同仁、待遇同等，学校将工程硕士在职研究生纳入“奖助贷”体系，积极从政策层面上为工程硕士在职研究生培养创造良好环境。学校还从则政拨款和学费中安排一定比例的专项经费用于工程硕士在职研究生的培养工作，并积极与合作单位一起筹措资金，设立专项奖学金和人才培养专项基金，鼓励和激励广大工程硕士攻读工程硕士学位。工程硕士在顶岗实践期间，合作单位按照合同约定，根据工程硕士完成任务的数量和质量发放一定数额的津贴补助，保证工程硕士的学习、生活和工作。
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