尽管在我国现有的在职研究生教育形式结构初步形成阶段就己建立了工程类型在职硕士、临床医学在职博士、财经政法等应用型在职研究生的培养制度，但是由于招生体制和指标的限制，应用型在职研究生的培养在数量上远远不能满足社会实际部门的需要。1993年2月，国家教委、国务院学位委员会联合下发了《关于学位与在职研究生教育改革和发展的若干意见》，其中提出:“积极改革在职研究生培养规格和类型单一的状况。在职博士生教育要努力提高培养质量，为国家培养跨世纪的学术带头人和业务骨干的后备队伍。在职硕士生教育要在保证质量的前提下，发展多种规格和多种类型尤其是应用型人才的培养，加快专业学位的试点”。《意见》下发以后，相关单位开始积极设置专业学位，大力推进职业型、复合型在职研究生人才的培养。近年来，专业学位在职研究生教育更是异军突起，发展迅猛。

然而，在我国，由于长期过于偏重于学术型人才培养，不少部门和单位仍然停留在只把专业学位教育作为在职研究生教育的补充，而没有把专业型学位与学术型学位在职研究生的培养都作为在职研究生教育的重要组成部分来对待，由此而导致各种专业学位及非全日制研究生教育形式受不到应有的重视，与学术型全日制研究生教育相比，我国的专业型非全日制研究生教育起步较晚，规模和比例明显偏低，质量有待提高，内部学科结构也有待于优化。

1)各种形式的在职研究生教育规模差距悬殊。

发达国家在职研究生教育的快速发展主要体现在各种专业学位及非全日制研究生教育形式上。20世纪90年代，美国仅专业学位获得者的比例己占在职硕士学位获得者人数的55%以上。根据美国国家教育统计中心公布的数据，1999-2000年度，美国授予在职博士学位人数44808人，第一级专业学位授予人数80057人，后者几乎是前者的2倍(第一级专业学位教育的起点与在职硕士相同，但终点接近在职博士)。而我国在职硕士学位授予中，专业学位和同等学力申请的学位合计在2000-2003年分别只占到当年在职硕士学位授予总量的22.8%,30.3%,34.2%,27.9%，也就是说，直到近年来，各种专业学位及非全日制研究生教育形式的发展仍远远落后于全日制研究生教育形式，以科学学位授予为主的全日制研究生教育形式仍是我国在职研究生教育的主流。另外，以专业学位为例，目前我国有43个专业在职博士试点单位，370个专业在职硕士试点单位:专业在职博士授权点47个，专业在职硕士授权点786个。而截至2006年1月，经过十次学位授权审核，我国科学学位现有在职博士学位授予单位361个，在职硕士学位授予单位798个;一级学科授权点1360多个，二级学科在职博士点2000个左右，二级学科在职硕士点1.5万多个。

2)各种形式的在职研究生教育质量水平参差不齐。

1978年恢复在职研究生招生以来，经过近30年的发展，我国学术型全日制研究生教育规模逐步扩大，在此基础上，其人才培养质量和科学研究水平以及为社会服务的能力等都在迅速提高。目前，我国己初步形成了组织制度较为完整、权力结构较为清晰、管理方式口趋多样、质量水平迅速提升的学术型全日制研究生教育体系。而与学术型全日制研究生教育的迅速发展相比，我国各种专业学位及非全日制研究生教育制度及其规范尚未建立健全。在现有的各种专业学位及非全日制研究生教育中，也存在诸多问题和弊端，比如在职研究生课程进修班办班目的与功能偏离方向，逐渐成为一些单位追求办学经济效益和个人追求学位的手段。同等学力申请学位中，外语水平统测和专业综合水平考试通过的概率较低，弄虚作假和质量失控己达到相当严重的程度等。总之，目前我国各种形式的在职研究生教育质量参差不齐，己经成为在职研究生教育形式结构面临的关键问题。

3)各种专业学位及非全日制研究生教育内部学科结构趋于失衡。

以专业学位授予为例，截至2003年底，共计授予的53256个专业学位中，仅工管理领域就占据了我国专业学位授予的半壁江山，近些年来，专业学位发展最快、人数最多的是工程在职硕士，约为整个专业学位的40，其他学科领域中专业学位发展非常缓慢。也就是说，在各种专业学位及非全日制研究生教育规模基数过小、质量水平较差的情况下，其内部学科结构也趋于失衡。除工商管理、工程在职硕士专业学位外，其他学科中专业学位及非全日制研究生教育目前发展尚缺乏后劲，在兽医、农业推广、临床医学、建筑等应用性学科专业，各种强调应用技术能力的专业学位及非全日制研究生教育恰恰没有得到有力的发展。这种状况不仅无益于专业学位及非全日制研究生教育规模的发展和质量的提高，而且还将影响到在职研究生教育整体的发展。