经过20多年的发展，截至2006年我国在学在职研究生数量已突破110万人，成为名副其实的在职研究生教育大国。在职研究生教育规模的扩张、数量的激增使得在职研究生教育中原本就存在的一些矛盾和问题越发无法回避，体现得越发充分。有学者将我国在职研究生教育发展过程中存在的问题概括为四个方面:

体制与机制问题由于长期受计划经济体制的影响，学位与在职研究生教育的管理体制过于僵化，培养单位自主办学的空间不足，国有办学体制和一元投资体制的局限性日益突出。尚未形成政府宏观调控、市场资源配置的调节机制，生源市场、技术市场、资金市场、人才市场的发育不够成熟，学位与在职研究生教育的运行活力不够，还没有建立起主动适应市场经济体制和社会发展需要的调节机制，培养单位对社会发展需求和就业市场变化的反映不够灵敏。

培养模式与制度问题培养模式较为单一，学徒式、专业式培养模式在我国的发展时间相对较长，各培养环节在形式上的建构也比较成熟;而协作式培养模式发展时间不长，尤其是受到传统观念的影响没有得到足够的重视。即使在专业学位获得很大发展的前提下，仍然较多的沿用“学术性学位”的培养模式和手段培养攻读“专业性学位”的学生。培养方案和培养计划设置口径过窄，课程设置不能适应学科交叉的发展趋势;在职研究生教学内容、教学手段有待丰富，创新能力的培养尤其需要加强。

办学条件与环境问题还没有形成成熟的、现代化的办学环境，研究条件、研究手段落后。在职研究生生均科研经费缺乏，许多在职研究生培养单位生师比不断攀升，在职研究生扩招中的学科结构性矛盾日益突出，在职研究生培养条件亚待进一步改善。学位授予单位的发展不平衡，地区发展不协调，仅以在职研究生院为例:设立在职研究生院的高等学校往往是整体办学实力和科研水平、科研条件较好的高校，目前国家批准建立和试办在职研究生院的高校共56所，其中东部36所，中部11所，西部9所，中、西部加总计算也只是东部地区的55.56%0

国际竞争力问题已成为在职研究生教育的数量“大国”，但显然还不是质量“强国”。国际一线学术研究背景的导师比例偏低，培养的人才创新动力缺乏、创新能力不足;各学科领域在人才培养上相对封闭，资源的共享交流不够，影响了学科间的交叉融合，高水平学科建设难以与国际一流学科相比。

另有学者对我国71所重点大学的在职研究生培养状况进行统计分析，数据显示:2000—2004年I间，这些学校硕士生的生师比从2000年的3.81:1猛增至2004年的7.71:1，上涨幅度达到102%;博士生的生师比增长相对平稳，2000年为6.99:l,2003年达到最高的8.03:1，增长了15%0

同期从全国在职研究生培养单位的情况看，1999—2005年间，无论是硕士生还是博士生的生师比一直呈现上升态势，硕士生的生师比上涨幅度达到123%，博士生的生师比上涨50%08年中，直到2006年生师比才首次出现下降。统计数字背后反映了我国在职研究生教育面临的新形势，1999年以来的扩招使得生师比持续攀升，这种情况在资源相对更为缺乏的非重点高等学校尤其突出。虽然从绝对值看，71所重点大学的生师比高于全国平均水平，但是以增长幅度衡量，无论是硕士生的生师比还是博士生的生师比，非重点高等学校的上涨幅度均高于重点大学水平。

导师指导在在职研究生培养中的作用不可替代，其数量的增加落后于招生增长的速度，如果管理体制、培养模式、培养手段不能应时应势进行调整变革，科研经费、图书资料、实验条件等资源投入不能同步增加和改善，在职研究生培养质量的提高和导师指导作用的充分发挥就必然受限。

还有学者对在职研究生教育存在的问题进行了实证研究。2005年陈光、吴玺等对中国科学院在职研究生院、清华大学、中国科学技术大学的127名在职研究生进行了问卷调查，调查结果显示。

随着在职研究生招生人数的扩大，生师比不断提高，在指导方式不可能有根本性改变的前提下，导师毕竟精力有限，分配给每个在职研究生的时间和指导职能的有效发挥在一定程度上受限，只有35.8%的在职研究生感觉能够经常得到导师的指点。调查同样显示，只有三成在职研究生读研的动机是出于自身的兴趣和志向，对读研经历的主观感受总体看还没有达到及格的水准，只有57分，在职研究生自身内在动力不足，对学术生涯缺乏规划。对学术风气和科研氛围的负面评价比较集中，将近七成的受访者认为当前的学术风气浮躁，从学生的角度反映了培养手段和培养方式改革的必要性。

另有刘鸿在2002年对在职研究生培养现状进行的调查，调查范围是两所设有在职研究生院的高校，调查指标涉及课程设置、教学形式、导师指导、科研训练和在职研究生管理等影响在职研究生培养质量的因素，调查结果与陈光、吴玺所作的研究具有相似性。作者进而归纳出结论:“我国在职研究生教育质量并没有随数量的增长而同步提高”，“我国现行在职研究生培养模式实质上是一种‘本科化’的培养模式”。

基于经验观察的理论分析和实证研究的统计结果基本一致，显示在职研究生数量的快速扩张给培养单位在经费投入、师资队伍、教学和实验设施等方面带来了极大的压力，在职研究生培养质量也因此受到制约;数量的激增不仅仅意味着资源需求的扩大，也强调在管理中政府、市场与高校，培养单位与在职研究生及导师与在职研究生之间的关系需要调整;传统培养模式和机制，不仅各方的责权利划分有待进一步明晰，而且激励导师和在职研究生创新的内在动力不足，培养手段和培养方式也有待丰富，在职研究生教育管理体制面临新的改革压力和新的挑战。