课程体系结构是根据既有的培养目标要求得以形成的，因此，有什么样的培养目标要求，也就会形成与之相应的课程体系结构。本文尽管将研究对象定位在学术型在职研究生这一范围之内，但随着时代的发展，今天的学术型在职研究生与过去相比，其在内涵上已发生很大变化。培养目标的悄然改变是其内涵变化的主要原因。具体说来，对于硕士生而言，其原来的培养目标主要是高校教师或者科研院所的研究人员，而随着时代发展，尤其是在在职研究生学制改革的背景下，有专家明确指出，硕士学制缩短的实质在于“调整培养目标，打造实用型人才”。①对于博士生而言，从他们的就业日益与社会联系紧密这一走势可以看出，我们再也不能像以往那样仅仅将博士生的培养目标定位于纯理论的科研型人才。
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培养目标的改变，内在地要求对课程体系结构进行调整，然而本调查表明，现有的在职研究生教育课程体系结构仍保持着原有的“学科化”特征。具体如下:
(1）课程体系要素相对局限于某一学科范围.通过对多所高校在职研究生培养方案的分析我们可以发现，课程体系不但在总体结构上体现出了明显的学科化特征，即课程体系一般遵照专业基础课程、专业核心课程、专业前沿课程的方式进行组织，而且在课程体系的具体要素构成上，也体现出明显的学科性与专业性色彩。此外，在职研究生教育课程体系中的跨学科课程和研究方法论课程，因他们与专业的关联程度远比专业性课程要小，因而这两类课程在课程设置中也并未得到应有重视，这也从侧面反映出了上述情况的存在。
(2)课程体系结构相对忽视实践性课程。调查结果清楚地显示，硕士生对课程体系在“联系现实生活”、“培养实践能力”两方面的评价普遍不高。这有力地说明了在职研究生教育课程体系结构在实践性方面的不足。课程体系结构中实践性课程不足最主要的表现是:相当一部分在职研究生、甚至包括一定比例的博士在职研究生，、他们较难获得参与科研课题训练的机会。此外，它还突出地表现在在职研究生在校期间很少能参加学术会议并获得在各种会议上进行学术报告的机会。
在职研究生课程体系结构的过于“学科化”，其带来的影响不仅体现在所培养出的在职研究生不能很好地满足社会发展的需要，同时，这样一种课程体系结构因其忽视了学习者的实践需要和实践兴趣，将会导致在职研究生的课程学习缺乏一种内在动力。在“学科化”的课程体系中，“课程可以说是帮助学生重建其个人经验和寻找一己意义的手段”这一目标已基本无法实现。
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